2000年，经中华人民共和国教育部批准，由原中南工业大学、湖南医科大学、长沙铁道学院合并组建部属中南大学。学校组建后，根据学科门类的特点，按照资源共享、调整合并的原则，2002年4月，中南大学将原湖南医科大学药学系、基础与临床药理研究所以及湘雅附属第一、第二、第三临床学院的药剂学学科联合组建中南大学药学院。2016年11月，更名为中南大学湘雅药学院。

湘雅医院药剂学学科最早创立于1907年，湘雅第二、第三临床学院药剂学学科相继创立于1958年和1992年；基础与临床药理研究所是在1945年创立的国立湘雅医学院药理学科的基础上逐步建立起来的，1954年即取得硕士生培养资格，1981年获得博士学位授予权；湖南医科大学1985年即招收了首届药学本科班学生，开始探索药学高层次人才的培养模式，在此基础上，1996年组建湖南医科大学药学系，并于1997年开始面向全国招收4年制药学本科专业学生。

药学院成立以后，始终以培养高级药学人才、服务区域经济和为人民健康事业服务为出发点，开展各项教学科研活动。经过十余年的建设与发展，目前形成了药理学、药物化学、药剂学三个学科方向，取得了比较可喜的成绩，得到了同行专家的认可。 2001年药理学科成为国家重点学科，2004年“药理学”成为首门国家精品课程；2001-2004年，药物化学、药剂学、药物分析学和生药学等学科相继获得硕士学位授予权；2003年药学被国家人事部批准为博士后科研流动站；2005年药学专业被评为湖南省重点专业，2009年被评为特色专业；2010年药学一级学科成为湖南省“十二五”重点学科，并取得药学一级学科博士、硕士学位授予权，2011年获生物与医药领域工程博士点授权。2011年我校药理学与毒物学学科首次进入ESI世界前1%，2017年排名升至0.352%，是我校第五个进入ESI世界前1%的学科。在2011年中国大学本科教育分专业竞争力排行榜中，我校药学学科排名进入了第5位。2013年，在教育部组织的第三轮学科评估中，我校药学学科与上海交通大学、中山大学并列第十位。2015年药学一级学科博士后流动站国家评估结果优秀，湖南省“十二五”重点学科验收评估结果优秀。2016年药学一级学科硕士和博士学位授权点评估结果为优秀。2016年，我校药理学与毒理学入围美国新闻与世界报道《US News世界大学学科排名》，排名159。2017年，我校药学与药理学首次入围英国QS全球教育集团发布的最新《QS世界大学学科排名》（第七版），排名201-250。

全院现有60名教职员工，其中有专任教师39人。教授16人，教授所占教师比例为41.3%，教授中45岁以下教师7人；副教授14人，副教授所占教师比例为35.9%；具有博士学位的教师32人，占专任教师比例的82.06%；具有硕士研究生以上学历的教师35人，占专任教师比例的89.75%。现有博士导师18人，硕士导师33人（含博导）。教师队伍中，有国家“千人计划”学者、973首席科学家、长江学者特聘教授、国家自然科学杰出青年基金获得者1人，国家自然科学优秀青年基金获得者、湖南省“百人计划”学者1人，“教育部跨世纪优秀人才培养对象”1人，“教育部新世纪优秀人才培养计划”入选者2人，湖南省新世纪“121人才工程”学者3人，湖南省自然科学杰出青年基金获得者2人，“湖南省普通高校学科带头人”培养对象3人，“湖南省青年骨干教师重点培养对象”7人，中南大学“升华学者计划”特聘教授6人、“升华猎英计划”人才5人、“升华育英计划”人才4人、“创新驱动计划”人才5人。常年担任药学院教学任务的附属医院教师约20人，其中教授级教师10人，博士生导师5人；副教授级教师10人。医院兼职教师具有研究生学历的占100%。中国工程院彭司勋院士为我院荣誉教授。

药学院坚持以“创办药学精品专业”为理念。除1997、1998年招收本科学生30人外，此后每年招收本科学生保持60人左右，2012年扩大到90人。研究生招生规模逐年稳步增长，2009年起，每年招收研究生在80人以上。学院现有在读全日制学生535人，其中本科生355人，硕士研究生149人，博士研究生31人；在站博士后10人。培养的研究生中，获得全国优秀博士学位论文奖2人，全国优秀博士学位论文提名奖5人，湖南省优秀博士学位论文奖9人，湖南省优秀硕士学位论文奖30余人。本科生读研升学率在40%-50%左右，每年有1-2人直接考入国外名校攻读研究生学位。2002年以来，我院学生获得国家级创新创业课题近12项，获得中南大学创新创业课题38项。编撰包括研究生、本科生教材以及学术专著和科研教学参考书50余部。经过十余年的建设和发展，学院已经形成了具有全日制本科教育、研究生教育、博士后培养、工程硕士培养、工程博士培养、成人教育等较为完整的教学体系。

挂靠学院的科研机构有中南大学药物研究所、心血管研究湖南省重点实验室；学院建立了药物分子设计与研究中心；与有关单位协建了中南大学分子影像研究中心、湖南省药物制剂与早期临床评价技术研究中心；与企业联合建有湖南省手性药物研究工程中心，与企业联合组成湖南省药用辅料工程技术研究中心、湖南省中药提取物工程中心、广州威尔曼联合实验室、湖南达嘉维康联合实验室和浙江海正联合实验室等；初步搭建起了天然药物研发平台、分子设计与药物发现平台、药物合成研究平台、分子探针研究平台、应用药理学研究平台、药物动力学研究平台和药物新制剂研究平台等；与湖南汉森医药有限公司联合建有湖南省产学研示范基地。已经具备新药创制研发的相关条件。与企业合作完成了共计200余个品种的新药研制报批工作；多个有开发前景的I类或其他类新药正在研发之中。

2010年以来，先后获得包括973、863、十二五攻关、重大新药创制、国家自然科学基金（重大研究计划、优秀青年基金等项目）、教育部新世纪人才支持计划等各类国家基金40项；其中，2013年，陈丰原教授作为首席科学家带领的团队获得国家重点基础研究计划（973）和国家自然科学基金重大研究计划重点项目各1项。入校各类科研经费6000余万元；申请国家发明专利57项，获得授权发明专利16项；发表SCI、EI等论文229篇（第一单位、第一作者/通讯作者）；2017年6月，我院药剂学学科团队刘珏文、周文虎教授在国际顶级学术期刊《Chemical Reviews》（2016年影响因子47.928）在线发表了综述文章“Metal Sensing by DNA”，这是我院科教人员发表的最高影响因子论文。主编或参编各类教材36部；获教育部提名国家科学技术二等奖2项，中华医学科技二等奖、三等奖各1项；获得湖南省医药科技成果一等奖1项；湖南省自然科学成果二等奖3项、三等奖1项；湖南省技术发明奖一等奖一项（排名第三）；湖南省科学技术进步三等奖1项（排名2）。

学院将始终瞄准生物医药的前沿领域，面向国内医药工业的主战场，进一步加强同国内外科研机构、医药工业企业的交流与合作，坚持科学研究与社会服务同步发展的办院方针；积极创造条件与国际高等药学教育接轨，逐步向六年制药学专业转化；全面开放，走产、学、研相结合的专业建设道路，努力将中南大学药学院建设成国内领先、国际有较大影响的高层次药学专业人才的培养基地。